冷卻塔在日常使用時都是暴露在空氣中，空氣中有很多的懸浮物、塵埃、雜質會不斷的堆積在冷卻塔中，所以冷卻塔會出現污垢沉淀。冷卻水系統內也會滋生大量生物藻泥，造成堵塞現象。

在冬季的時候，冷卻塔很少需要使用。而冷卻塔中會積累大量的水分，冷卻塔中的水分就會對冷卻塔的內部造成一定的腐蝕，時間久了，就會腐蝕物質堆積，導致局部的腐蝕情況非常嚴重。

冷卻塔循環水內含無機鹽、有機物和微生物等，在某些季節水溫能達到35℃以上，若冷卻水長期使用不更換或水量補充不足，以及長時間不清洗消毒或消毒不徹底等，就會滋生很多細菌，其中典型的細菌是“軍團菌”，這種細菌會造成傳染病。在冷卻塔的冷卻水中大量繁殖并形成微生物氣溶膠，部分直接飄逸到冷卻塔周圍的空氣中，使周圍800米內都會受到影響。所以，城市的冷卻塔是城市污染的一種主要來源。